Chùa Trăm gian đã nhiều lần được trùng tu, tôn tạo theo những cách thức phá hỏng di tích như sơn lại tranh tượng quý bằng sơn công nghiệp; làm mới bệ tượng, bàn thờ bằng xi măng, gạch ốp lát công nghiệp xanh đỏ tím vàng; xây mới các dãy hành lang đánh bóng cột kèo bằng vécni. Đặc biệt nghiêm trọng là đợt trùng tu hơn 100 ngày giữa năm 2012 khi nhà Tổ, gác khánh có tuổi đời nhiều trăm năm của chùa đã bị đập bỏ không thương tiếc để xây dựng thành di tích một ngày tuổi. Sự kiện xảy ra nhiều ngày, thậm chí thông tin về quyên góp dựng chùa còn được phát thanh trên hệ thống loa xã, nhưng cơ quan chức năng từ thôn, xã, huyện, thành phố, trung ương không ai hay biết[1].